Hormone là các chất hóa học do cơ thể sản xuất để gửi “tín hiệu” đến các cơ quan và mô, giúp điều chỉnh nhiều hoạt động sống như trao đổi chất, sinh trưởng, sinh sản và phát triển đặc điểm giới tính. Trong chuyển giới, hormone được dùng để điều chỉnh các đặc điểm sinh dục thứ cấp nhằm giúp cơ thể phù hợp với giới tính mà người đó xác định. Ví dụ, người nam → nữ (MTF) dùng estrogen kết hợp thuốc ức chế testosterone để giảm râu, giảm cơ bắp, phát triển ngực, phân bố mỡ kiểu nữ và làm da mềm hơn. Người nữ → nam (FTM) dùng testosterone để giọng trầm, mọc râu, tăng cơ, giảm mỡ ở hông, ngừng kinh nguyệt và thay đổi phân bố mỡ kiểu nam.
Ngay cả khi dùng đúng liều, hormone chuyển giới vẫn có thể gây những tác động tiêu cực nhẹ nhưng quan trọng cần theo dõi. Ở người nam → nữ (MTF), estrogen kết hợp thuốc ức chế testosterone có thể làm giảm cơ bắp, giảm hồng cầu, thay đổi lipid máu, tăng nhẹ nguy cơ huyết khối và ảnh hưởng nhẹ đến tâm trạng. Ở người nữ → nam (FTM), testosterone có thể làm tăng hồng cầu, thay đổi lipid máu, gây mụn, rậm lông, giọng trầm không đều và tác động nhẹ đến gan cũng như tâm trạng. Vì vậy, dù sử dụng liều chuẩn, hormone vẫn thay đổi sinh lý toàn thân, nên người chuyển giới cần theo dõi y tế định kỳ để đảm bảo sức khỏe lâu dài.